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            "abstractNote": "L'urbanisation des milieux est un processus mondial qui modifie radicalement les paysages écologiques et évolutifs. Les milieux urbains sont caractérisés par des perturbations chimiques et physiques et modifient profondément les relations biotiques et abiotiques. Ces changements dans les pressions environnementales ont des effets documentés sur le phénotype des organismes urbains. Dans ce contexte, les signaux colorés semblent particulièrement sensibles aux conditions environnementales urbaines. A l'échelle globale, on observe une tendance au mélanisme en ville, et des colorations jaune à rouge caroténoïdes moins intenses. Cette thèse vise à explorer les relations entre environnements urbains et signaux colorés, et le possible rôle de la sélection naturelle dans ces tendances observées. En s'appuyant sur plus de 10 ans de données issues d'un suivi à long terme des populations urbaines et rurales de mésanges charbonnières (Parus major) et bleues (Cyanistes caeruleus) en Ile de France, ce manuscrit documente des divergences dans la taille de la bande ventrale mélanique et la coloration jaune caroténoïdes des plumes ventrales qui peuvent, en partie, s'expliquer par le sens et la forme de la sélection naturelle sur ces traits. En particulier, les mésanges charbonnières présentent une bande ventrale significativement plus grande en ville comparées à leurs homologues rurales. Si la taille de la bande ventrale des oiseaux ruraux ne semble pas fortement corrélée au succès dans la reproduction, les mésanges urbaines males avec des bandes ventrales relativement plus petites sont associés à des tailles de pontes et un nombre de poussins envolés plus grand. A l'inverse, les femelles à plus grande bande ventrale sont associées à un meilleur succès d'envol. Sur la coloration jaune caroténoïde des plumes ventrales de la mésange bleue et charbonnière, on documente une contre sélection de la coloration jaune en ville. Plus particulièrement, les femelles les plus colorées des deux espèces sont associées à des tailles de ponte, nombre de poussins envolés, et succès d'envol plus faibles en ville. Cette thèse dépasse la dichotomie urbain/rural en explorant la covariation de la coloration avec l'imperméabilisation. Nos résultats montrent que l'intensité de la coloration jaune caroténoïde décroit continuellement à mesure que l'imperméabilisation augmente, et ce à l'échelle continentale, dans 6 villes Européennes. La coloration jaune caroténoïde peut donc être un bioindicateur de l'intensité de l'urbanisation des milieux, à large échelle. Enfin, le dernier chapitre de cette thèse suggère que le succès dans la reproduction est dépendant de la coloration et de l'imperméabilisation du territoire. Les mésanges plus pâles semblent plus performantes lorsqu'elles évoluent dans un milieu plus imperméabilisé. A l'inverse, les mésanges les plus colorées amènent plus de poussin à l'envol si elles se reproduisent dans un territoire plus végétal. Cette thèse discute enfin des mécanismes sous-jacents à ces patrons de sélection et avance l'hypothèse d'un changement de régime alimentaire. Les oiseaux qui réussissent à s'adapter aux milieux urbains et leurs contraintes pourraient être ceux qui ouvrent leurs régimes alimentaires à des ressources nouvelles, prévisibles et abondantes. Les signaux colorés pourraient donc être le reflet d'une adaptation en cours aux contraintes environnementales urbaines, par le changement progressif de niche écologique. Ce manuscrit ouvre la voie à des tests ciblés du régime alimentaire, des comportements antagonistes, et des dimensions de survie et recrutement de la valeur sélective. Enfin, il invite à voir les villes et milieux urbanisés comme des paysages écologiques et évolutifs à part entière, et à dépasser la dichotomie urbain/rural classique en écologie urbaine.",
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            "abstractNote": "Ce projet de recherche porte sur le rôle de la fiction dans le cadrage des politiques publiques de renaturation des milieux urbains. L'hypothèse principale est la suivante : le néologisme \"renaturation\" est une fiction langagière inédite qui produit des effets concrets dans la manière de penser la place de la nature en ville. Parmi ces effets, cette fiction opère une neutralisation de la conflictualité de la présence de la nature en ville, et efface en partie la complexité des interactions entre humains et le reste du monde vivant, ainsi que les hétérogénéités de cette nature urbaine au sein d'une même ville. Or la fiction  - envisagée comme pratique collective de création de monde - peut être aussi un espace heuristique utile pour questionner les représentations actuelles de la nature en ville.    Cette thèse s'articule autour trois axes de travail :  a. Analyse discursive de l'émergence du néologisme \"renaturation\" et de ses emplois à la fois dans le cadre des politiques publiques, mais aussi dans le milieu de la recherche - en particulier en écologie urbaine-, et dans les oeuvres de science-fiction.  b. Étude des représentations sociales de la renaturation - ou du retour de la nature en ville - par les différents acteurs des politiques publiques par le biais d'entretiens et d'observations participantes.  c. Expérimentations de dispositifs d'écriture de fiction sur les enjeux de renaturation mobilisant notamment la pratique du théâtre forum.",
            "thesisType": "These en préparation",
            "university": "Paris, Muséum national d'histoire naturelle",
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            "title": "Modélisation des impacts des arbres sur la qualité de l’air de l’échelle de la rue à la ville.",
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            "abstractNote": "Les arbres apportent de nombreux services écosystémiques en ville, ils permettent de diminuer certaines conséquences de l’urbanisation comme l’îlot de chaleur urbain et le ruissellement de l’eau. Leur effet thermo-radiatif améliore le confort thermique. Les arbres peuvent également impacter la qualité de l’air en ville via différents processus.  Le dépôt de polluants gazeux et particulaires sur les feuilles des arbres peut contribuer à la diminution des concentrations. Cependant, l’effet aérodynamique des arbres modifie l’écoulement dans les rues canyons et limite la dispersion des polluants émis dans la rue. Par ailleurs, les arbres émettent des composés organiques volatils biogéniques (COVb) qui peuvent participer à la formation d’O3 et d’aérosols organiques secondaires. Les émissions de COVb varient selon l’espèce d’arbre, et sont influencées par des facteurs climatiques (température, rayonnement) mais aussi par le statut hydrique des arbres. Cette thèse a pour objectif de quantifier les impacts de ces différents processus sur la qualité de l’air en ville. Des simulations numériques sont réalisées sur la ville de Paris pendant l’été 2022 avec la chaîne de modèles CHIMERE/MUNICH afin de quantifier l’impact des arbres sur les concentrations atmosphériques de polluants à l’échelle locale et régionale. Les concentrations simulées sont comparées à des mesures. Les arbres urbains ne sont généralement pas pris en compte dans les modèles de qualité l’air, aussi bien à l’échelle régionale qu’à l’échelle de la rue. Pour intégrer les émissions de COVb dans le modèle régional CHIMERE, un inventaire est réalisé à partir de la base de données des arbres de la ville de Paris. Une méthode est développée afin d’estimer les caractéristiques des arbres qui sont utilisées en données d’entrée des différents modèles (surface de feuille, biomasse sèche, taille de la couronne, etc.). En moyenne sur les mois de juin et juillet 2022 à Paris, les émissions biogéniques locales des arbres induisent une augmentation de 1,0% d’O3, 4,6% de PM1 organiques et 0,6% de PM2.5. Les émissions biogéniques des arbres urbains augmentent très fortement les concentrations d’isoprène et de monoterpènes. Par comparaison aux mesures, les concentrations de terpènes ont tendance à être sous-estimées, compte tenu des incertitudes liées aux facteurs d’émissions et à la part de végétation manquante dans l’inventaire. Les émissions de terpène de la végétation urbaine et suburbaine influencent fortement la formation de particules organiques, il est donc important de bien les caractériser dans les modèles de qualité de l’air. Les différents effets des arbres urbains sur la qualité de l’air à l’échelle de la rue sont ensuite ajoutés dans le modèle de réseau de rue MUNICH. L’effet aérodynamique des arbres dans les rues est paramétré à partir de simulations de mécanique des fluides. Il induit une augmentation des concentrations des composés émis dans la rue. Cette augmentation peut atteindre +37% pour le NO2 dans les rues avec une surface de feuilles importante et un trafic élevé. Le dépôt sur les feuilles des arbres est calculé à partir d’une approche résistive adaptée à l’échelle de l’arbre urbain dans la rue. Cependant, son impact sur les concentrations reste limité sur les gaz et  particules étudiés (< -3%).Pour finir, un couplage entre les modèles TEB (modèle de surface urbaine), SPAC (modèle de continuum sol-plante-atmosphère) et MUNICH a été mis en place. Ce couplage permet de mieux représenter les impacts des hétérogénéités du micro-climat urbain et de l’effet thermo-radiatif des arbres sur les concentrations de gaz et de particules. L’effet de ce micro-climat et du stress hydrique des arbres sur les émissions de COVb est aussi pris en compte afin d’affiner le calcul des émissions.",
            "thesisType": "These de doctorat",
            "university": "Marne-la-vallée, ENPC",
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            "abstractNote": "Afin de limiter les effets néfastes des rejets urbains par temps de pluie (RUTP) sur les socio-écosystèmes en milieu urbain dans un contexte de changement climatique, des techniques alternatives (TA) sont utilisées.  À Strasbourg (Grand Est, France), trois TA composées chacune d’une mare de sédimentation et d’un filtre planté de roseaux à écoulement vertical ou horizontal reçoivent depuis 10 ans les RUTP  d’un réseau séparatif strict. L’objectif de cette thèse est d’étudier l’impact du vieillissement sur les TA en : (i) évaluant la réponse hydrodynamique, physico-chimique et les performances de dépollution ; (ii) mesurant l’accumulation des sédiments et le stockage des micropolluants ; (iii) étudiant la structure de la phytocénose spontanée et sa valeur ajoutée.Le suivi métrologique permet de conclure sur la robustesse de la TA âgée de 10 ans dont la réponse n’est pas corrélée aux paramètres hydrologiques du bassin versant. Des concentrations inférieures aux limites de quantification en sortie témoignent d’une bonne dépollution des micropolluants (7 métaux et 16 HAP). Le stockage des métaux est important dans les sédiments des mares et localisé sur la couche superficielle dans les filtres verticaux. Les hydrophytes accumulent également des métaux. Les mares sont naturellement colonisées par les plantes du paysage par anémochorie et zoochorie et la végétation joue un rôle support qui participe également à l’efficacité des TA.",
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            "abstractNote": "À l’heure de la crise écologique globale, cette recherche tente d’éclairer, à travers l’exemple réunionnais, le rôle du jardin et du jardinage dans la production d’une « biodiversité cultivée », au sens où elle est le produit, tout à la fois, d’habitus culturels et de pratiques culturales. Elle apporte ainsi une contribution à une approche culturelle et socio-écologique des transformations environnementales de l’île. La thèse emprunte trois chemins : celui du recueil et de l’analyse d’une vingtaine de récits de jardiniers ; celui d’une enquête sur l’École du jardin planétaire de la Réunion, et celui, plus expérimental, de la création collective d’un jardin, nourrie des aspirations et des savoir-faire de plusieurs dizaines de jardiniers et dans lequel est mesurée, au fil de l’expérience, l’évolution de la biodiversité spécifique. Reconnue pour sa biodiversité exceptionnelle et ses paysages extraordinaires, l’île de La Réunion témoigne d’un brassage culturel, humain et biologique uniques en son genre.  Le jardin dit « créole », ou jardin de kaz, est l’expression de ce brassage. Il a été et demeure ici et là encore, un jardin-monde, aujourd’hui menacé en ses formes anciennes par une transformation profonde des modes d’habiter. La thèse montre néanmoins l’émergence d’un nouveau type de jardiniers, qui reprennent pour partie cet héritage, tout en concevant leurs jardins à partir d’un imaginaire et d’un savoir « écologisé ».  La parcelle jardinée est dès lors perçue comme recélant un pouvoir d’agir sur les désordres environnementaux globaux ; le modèle hérité du jardin-monde glissant, sans disparaître, vers celui du « jardin planétaire ». Là s’expérimentent de nouvelles manières de faire, inséparables d’un nouveau rapport aux éléments naturels et au temps, mais aussi d’un désir de partage, de collaboration et de transmission. En démontrant ainsi ce qui se joue, sur le triple plan écologique, social et culturel, dans les jardins de kaz réunionnais, la thèse montre la nécessité de reconsidérer ces espaces auxquels les politiques environnementales et urbaines actuellement menées dans l’île n’accordent que peu d’attention.",
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            "abstractNote": "The discovery of the harmful effects of chemical plant protection products used in agriculture on human, animal and environmental health has led to a reduction in their use and the development of new strategies to combat bio-aggressors. One such strategy is biological control, i.e. the use of living organisms to control pests. Entomopathogenic nematodes (EPNs) are capable of killing a large number of insect species in less than 120 hours. They are used in biological control by augmentation and/or acclimatization (introduction of a natural enemy into the environment) on high-value crops (ornamentals, vegetables, orchards). The high cost of their use, as well as the variability of their efficacy, reduces their use in field crops such as corn and wheat. What's more, many factors (soil texture, pH, nematophagous fungi, competitive bacterivorous nematodes, etc.) are known to influence their presence and diversity in soils. Surprisingly few studies have been carried out to describe the effects of agricultural practices on the presence, diversity and persistence of EPNs in agricultural soils.The challenge today is to use EPNs in conservation biological control (using different agricultural practices to encourage the presence of pests' natural enemies). The thesis we are working on has three key objectives:1/ Propose a new methodology to improve the detection of EPNs with a view to describing their description in agricultural soils.2/ Determine the factors influencing the presence of EPNs3/ Determine the factors influencing the success of the parasite cycle in EPNs, and in particular the influence of their microbiota",
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            "abstractNote": "The production of ornamental plants with a compact and branched habit, aesthetic and robust, traditionally requires the use of chemical growth retardants. However, due to the consequences on human health and the environment, French and European legislation is gradually prohibiting their use and encouraging the search for alternatives, more environmentally friendly methods. During this thesis, and for the first time, we studied the impact of light spectra and mechanical stimulation on the compactness of young hydrangea plants (Hydrangeamacrophylla L.) through morphological, histological, transcriptomic and metabolomic analyzes. Our research showed that these two treatments produced dwarfing effects similar to those of chemical growth retardants. In addition, by increasing the radial growth of the stems, mechanical treatments strengthen them. By promoting the bursting of axillary buds at the base of the plant, they improve the bushy appearance of plants. The molecular responses suggest the existence of response mechanisms common to the two treatments which act in particular on cell wall control genes and on hormonal regulations. Analysis of the state of chromatin compaction also suggests the initiation of epigenetic regulations by mechanical stimulation. Finally, the study of the memory of hydrangea plants to mechanical stimulations repeated daily and for 5 weeks shows the absence of desensitization of the plants. In summary, our study offers effective alternative treatments with low environmental impact for growing quality hydrangeas",
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            "abstractNote": "L’exposition aux pesticides augmente le risque de certaines pathologies à long-terme chez les agriculteurs. La prévention repose actuellement sur l’application de « bonnes pratiques agricoles », mal définies et éloignées des pratiques habituelles des agriculteurs. Notre objectif était de contribuer à la prévention en France, en adoptant une double approche systémique et individuelle, visant à améliorer la prise en compte des expositions réelles des agriculteurs et proposer des solutions adaptées.Le premier volet de la thèse a étudié le caractère conservateur des modèles de prédiction des expositions professionnelles en comparant les expositions mesurées dans des divers contextes de travail habituel avec celles calculées par les modèles. Les modèles réglementaires sous-estiment les expositions des opérateurs agricoles, notamment en arboriculture, espaces verts et grandes cultures, en surestimant l’efficacité des équipements de protection individuelle et en négligeant certains déterminants d’exposition. Pour les travailleurs en réentrée/récolte, l’exposition après plusieurs jours est également sous-estimée.Dans le second volet, après un diagnostic des pratiques de prévention des agriculteurs, une intervention multicomposante basée notamment sur des théories psychosociales et destinées à influencer les comportements, alternative à la formation Certiphyto classique, a été développée. Les agriculteurs n’adoptent pas toujours les pratiques de prévention malgré leur connaissance des risques, en raison de barrières, normes sociales et auto-efficacité perçues. Une intervention a été conçue, incluant des démonstrations pratiques, un formateur pair et des processus d’engagement et de changement de normes sociales. Son efficacité sera évaluée par des critères objectifs (expositions urinaires) et auto-rapportés (comportements, perceptions psychosociales).Cette thèse propose d’intégrer davantage les expositions réelles des agriculteurs dans la prévention, tant dans les processus réglementaires que dans la formation pour encourager l’adoption de pratiques de protection. Nous devons poursuivre nos efforts pour atteindre d’autres travailleurs fortement exposés mais peu formés et adopter une approche pluridisciplinaire et globale pour réduire les risques des pesticides.",
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            "abstractNote": "Depuis plusieurs années, on assiste à un déclin important des populations de pollinisateurs sauvages et domestiques qui pose la question du maintien du service de pollinisation, et donc des espèces de plantes à fleur qui en dépendent pour leur reproduction. Ce déclin est multifactoriel mais sa cause principale est la diminution des milieux naturels ou semi-naturels au profit de deux types d’espaces anthropisés principaux ayant des propriétés très différentes : les espaces urbanisés et ceux utilisés pour l’agriculture intensive. Les zones d’agriculture intensive sont souvent des zones de grande utilisation de pesticides, et subissent une forte homogénéisation de la ressource en nectar, ainsi qu’une diminution des zones d’habitat potentielles des pollinisateurs, avec l’arrachage des haies et l’omniprésence du labour. Les espaces urbanisés sont, eux, des zones importantes d’import d’espèces de plantes exotiques, et de changement phénologique de la floraison qui peuvent nuire aux pollinisateurs.De plus, les plantes à fleurs et les pollinisateurs sont reliés par des réseaux d’interaction structurés autour d’un petit groupe d’espèces généralistes qui joue un rôle d’espèce clé. Des études simulant des communautés de plantes et de pollinisateurs ont montré que lorsque l’environnement devient plus anthropisé et donc moins favorable, les pollinisateurs généralistes qui persistent suffisent au départ à maintenir la pollinisation de l’ensemble des espèces de plantes. Cependant, lorsque les facteurs de déclin des pollinisateurs dépassent un certain seuil et que les espèces de pollinisateurs généralistes commencent à disparaitre, un point de basculement va être atteint. Les simulations prédisent alors une disparition simultanée de toutes les espèces encore présentes de pollinisateurs, et donc la disparition du service de pollinisation.L’objectif de la thèse était d’utiliser des observations sur le terrain pour étudier comment les deux types principaux d’anthropisation, urbanisation et agriculture intensive, interagissent et influencent les communautés de plantes et de pollinisateurs et les réseaux qu’ils forment.J’ai commencé par montrer que les réseaux déterminés jusqu’au niveau de l’espèce ont des propriétés comparables à ces mêmes réseaux déterminés au niveau du genre et même de la famille, ce qui m’a permis d’utiliser pour le reste de la thèse le protocole photographique Spipoll pour recenser les interactions plantes-pollinisateurs. Puis, par une étude observationnelle sur 38 sites sélectionnés sur plateau de Saclay le long d’un double gradient urbanisation-agriculture intensive-espaces semi-naturels, j’ai montré que la majorité des pollinisateurs est négativement impactée par l’urbanisation, avec une perte des taxons spécialistes mais aussi de taxons généralistes, et une perte générale de diversité. Cette perte amène à des réseaux moins emboîtés, qui sont ainsi moins résilients face à une perturbation. Cependant, le taxon des Hyménoptères en général apparaît plus résistant à cet effet, et permet d’assurer un service de pollinisation urbain. Mes résultats permettent également de souligner que tous les types d’urbanisation n’ont pas la même influence sur la biodiversité, et l’importance de prendre en compte ces effets pour repenser l’anthropisation des paysages d’une façon raisonnée pour le futur.",
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            "title": "Modélisation de l’utilisation d’informations au sein des stratégies d’approvisionnement des pollinisateurs dans différents contextes de compétition et étude de son impact sur la communauté plantes-pollinisateurs",
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            "abstractNote": "L’étude des comportements d’approvisionnement a permis de mettre en évidence que trouver et consommer une ressource est le fruit de nombreux choix, guidés par d’une stratégie d’approvisionnement. Cette dernière est façonnée à la fois par l’histoire évolutive de l’espèce, mais aussi par l’expérience propre à chaque individu. Parmi les éléments qui influencent les stratégies d’approvisionnement on retrouve les informations, c’est-à-dire tout ce qui permet de réduire l’incertitude. Les informations non acquises génétiquement ou par des effets parentaux se distinguent en deux catégories : l’information privée (acquise par l’individu au cours de sa vie en interagissant avec son environnement) et l’information sociale (acquise par l’intermédiaire d’un autre individu).La récolte des ressources florales étant complexe et imprévisible, aussi bien dans le temps que dans l’espace, les pollinisateurs possèdent des stratégies d’approvisionnement élaborées qui se basent sur les différentes informations à leur disposition. On y retrouve notamment l’utilisation d’information sociale, via l’exploitation d’une marque odorante répulsive, laissée involontairement par les congénères sur la corolle de la fleur lors de leur visite, mais aussi l’utilisation d’information privée, via l’utilisation d’une routine de visite de fleurs créée à partir de l’expérience du pollinisateur appelée trapline.Dans cette thèse, nous avons voulu explorer l’impact de l’utilisation de la marque odorante et de la trapline sur l’efficacité de butinage des pollinisateurs, notamment en contexte de forte compétition pour l’accès aux ressources. Nous avons également examiné les conséquences de ces stratégies d’approvisionnement sur la communauté florale via la dispersion du pollen.Pour répondre à ces questions, nous avons développé un modèle individu centré spatialement explicite qui donne l’opportunité de faire émerger des réponses à l’échelle de la communauté à partir des comportements de chaque individu. Notre modèle simule une population de pollinisateurs qui s’approvisionne dans une prairie fleurie où nous pouvons faire varier les densités de pollinisateurs et leurs stratégies d’approvisionnement.Nos résultats ont mis en évidence que l’utilisation de la marque odorante et de la trapline améliorent l’efficacité de butinage des pollinisateurs, notamment en contexte de compétition. De plus, l’utilisation de la marque odorante seule engendre une homogénéisation de la répartition des ressources dans le paysage. Enfin, la combinaison de l’utilisation de l’information privée et sociale permet de pallier le manque d’originalité du parcours et conserver un niveau de récolte satisfaisant.Concernant la communauté florale, nos analyses montrent un non-alignement des intérêts dans la relation mutualiste plantes-pollinisateurs avec une diminution du nombre de visites par fleur et de la dispersion du pollen quand les pollinisateurs utilisent la trapline et/ou la marque odorante.Nous espérons que notre modèle et ses résultats serviront de base à de futures recherches théoriques ou expérimentales pour approfondir l’impact des stratégies d’approvisionnement des pollinisateurs sur la communauté plantes-pollinisateurs. La nécessité de continuer à enrichir nos connaissances dans ce sens est développé dans la discussion générale.",
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            "abstractNote": "Les cadres théoriques de la conservation de la nature n’ont pas un caractère figé, mais ont évolué au cours du temps en privilégiant telles ou telles valeurs, notamment intrinsèques ou instrumentales. Or, les limites de ces cadres d’analyse pour susciter des engagements pour la nature ont été montrées. En m’appuyant sur la notion de valeurs relationnelles ainsi que sur celle des transformations des expériences de nature, j’ai conduit un travail qui veut apporter une réflexion complémentaire aux manières de concevoir la conservation de la nature. Pour cela, à travers l’étude transdisciplinaire des initiatives citoyennes de jardins partagés, cette thèse cherche à comprendre les motivations des citoyens ordinaires à s’engager pour la nature. Ce travail a notamment permis de montrer que des expériences de nature se font aussi en ville, par exemple pour combler un vide personnel par des pratiques de jardinage et des mises en relations sociales et écologiques dans ces espaces. Ces expériences sont aussi vécues par les riverains des jardins, qui pour la plupart reconnaissent et valorisent les bienfaits de ces jardins pour eux, pour les jardiniers, pour le quartier et pour la ville. Au niveau de la biodiversité, j’ai montré que les jardins sont des endroits propices pour l’installation d’une flore spontanée, dont la richesse dépend de l’action des jardiniers et des décisions des propriétaires du terrain (notamment de laisser l’espace disponible sur un temps long). Enfin, j’ai montré comment les relations socio-écologiques créées et encouragées dans un jardin deviennent des moteurs pour l’action politique. Par tous ces angles d’approche, ce travail de thèse montre donc le rôle crucial des valeurs relationnelles dans la motivation à conserver la nature. Relations à reconnaitre et valoriser dans toutes leurs diversités.",
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            "abstractNote": "Ce projet a pour objectif  dans un premier temps de comprendre si le travail réalisé par la ville de Paris sur l'amélioration intra muros des continuités écologiques a un écho au niveau des connectivités génétiques pour une plante modèle. Cette représentante de la flore spontanée de la région parisienne est  la benoîte commune (Geum urbanum). Dans un deuxième temps, l'idée est d'analyser la diversité génétique et la structuration génétique des populations de la plante à une plus large échelle, en comparant trois types de milieux : urbain dense, forestier et néo-urbain. Cela permettra d'appréhender des effets potentiels de l'urbanisation sur la génétique des populations de G. urbanum. Les résultats seront mis à profit pour faire progresser les pratiques de gestion de la flore à Paris, améliorer la collecte et la production de plantes indigènes par la Ville de Paris et, via des actions de médiation, favoriser l'acceptabilité par les Parisiens de cette flore considérée comme ordinaire. Tout cela s'accompagnant par un travail réflexif sur l'opposition entre ville et nature et l'implication que cela peut avoir sur les écosystèmes urbains.",
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            "abstractNote": "La résilience des populations aux changements environnementaux dépend en partie de leur potentiel évolutif. Toutefois, les changements environnementaux entraînent aussi l’augmentation des populations petites et isolés. Ces populations ont une taille efficace et une diversité génétique attendues faibles et donc un potentiel évolutif attendu faible. Comme le risque d’extinction est influencé par des processus génétiques, leur prise en compte est nécessaire à la gestion de la biodiversité. L’objectif de cette thèse est d’étudier l’utilisation de la génétique des populations en conservation in situ. Une synthèse des données issues de la littérature scientifique et de la littérature grise a montré que la diversité génétique intra-population des espèces menacées en France est faible et donc le potentiel évolutif est possiblement limité. En utilisant un jeu de données plus large, nous avons aussi montré que la différenciation génétique entre populations des espèces menacées n’a pas été estimée plus forte que celle des espèces non-menacées, mais un niveau de différenciation non négligeable est généralement observé pour les espèces menacées. Cette différentiation implique que la diversité sera beaucoup mieux préservée en conservant de nombreuses populations. L’étude des plans de conservation et les informations issues d’enquêtes auprès d’acteurs de la conservation a montré que la diversité génétique est peu prise en compte dans les translocations réglementaires et conservatoires, et plus généralement dans les actions de conservation en France. En prenant l’exemple du renforcement des populations, nous avons donc proposé un guide pour détecter la dépression de consanguinité, la dépression d’allofécondation et l’adaptation locale sans utiliser de biologie moléculaire. Enfin, nous avons utilisé le suivi génétique et démographique réalisé chez une espèce menacée Centaurea corymbosa pour estimer la taille efficace et mesurer l’effet de la dérive. Malgré de faibles effectifs, le temps génération des populations maintient une taille efficace  supérieure aux nombres de plantes en fleurs. Bien que les populations soient petites et isolées, la diversité et la structuration génétique de la centaurée ne changent pas entre 1998 et 2018, ce qui semble résulter de la longévité des individus. L’absence de perte de diversité observée ne signifie pas que C. corymbosa a un potentiel évolutif qui lui permette de répondre aux changements environnementaux. L’ensemble de ce travail montre qu’il est nécessaire d’avoir davantage de liens entre la conservation appliquée et la recherche pour une meilleur intégration de la génétique des populations en conservation.",
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            "abstractNote": "Les biens et services fournis par la nature sont d'une importance capitale pour le bien-être de l'Homme, et les services culturels sont spécifiquement le résultat des interactions de l'Homme avec la nature. Il est donc essentiel de comprendre ces interactions afin d'orienter les politiques de gestion du paysage et la protection de la biodiversité afin de maintenir les liens entre l'Homme et la nature et les bienfaits que ces liens procurent. Avec l'utilisation massive des réseaux sociaux, un énorme volume de données spatiales multimodales dites « crowdsourced » est disponible à partir desquelles les scientifiques peuvent aujourd'hui acquérir des connaissances plus approfondies pour mieux comprendre les services écosystémiques culturels (SEC). Parallèlement, des techniques de science des données, telles que l'apprentissage automatique et le traitement automatique du langage naturel, sont apparues pour automatiser l'extraction d'informations pertinentes à partir ces données, afin de quantifier et d'analyser les SEC. Cependant, l'utilisation des données « crowdsourced » pour quantifier les SEC n'est pas encore complètement développée. Par conséquent, cette thèse vise à appliquer différentes techniques de science des données à des données « crowdsourced » pour mieux quantifier les SEC à l'échelle paysagère. La zone d'étude considéré est l'ancienne région Auvergne, pour sa diversité d'éléments paysagers.Dans ce travail de thèse, nous avons utilisé trois sources de données (Flickr, NaturaList, Wikiloc) et une gamme de méthodes analytiques (analyse du contenu des images, analyse textuelle et analyse spatiale) pour décrire plusieurs facettes de l'expérience Homme-nature. Premièrement, en utilisant l'analyse spatiale, les préférences des photographes (Flickr), des randonneurs (Wikiloc) et des naturalistes (NaturaList) sont comparées et nous avons constaté que la diversité des habitats est visée indépendamment de l'activité récréative, tandis que les préférences pour des habitats spécifiques dépendent de l'activité récréative (Chapitre 2). Ensuite, nous avons exploré le contenu des images de Flickr et Wikiloc à l'aide d'un algorithme d'apprentissage automatique afin de comprendre la raison pour laquelle un élément du paysage est préféré (chapitre 3). En classant les images en deux catégories, celles qui se concentraient sur l'esthétique du paysage et celles qui se concentraient sur l'appréciation des espèces, deux aspects clés des SEC, nous avons constaté que les photographes et les randonneurs photographiaient davantage de paysages ouverts que d'espèces végétales ou animales, que ce soit dans les prairies ou dans les forêts. En ce qui concerne l'appréciation des espèces animales ou végétales, les espèces facilement observables, telles que les fleurs et les animaux d'élevage, ont été les plus photographiées. Finalement, en explorant les données textuelles, les perceptions et les émotions que les randonneurs associent aux caractéristiques du paysage et aux activités physiques de plein air ont été mises en évidence.Cette thèse met en évidence l'importance de combiner plusieurs sources et types de données « crowdsourced » et de les analyser en utilisant des méthodes interdisciplinaires afin de faire avancer la quantification des SEC. En utilisant différentes méthodes, nous avons présenté une mesure plus significative des SEC qui prend en compte différentes facettes de l'interaction Homme-nature, qui pourraient ne pas être entièrement prises en compte par une seule méthode isolée. Les résultats peuvent contribuer à la gestion du paysage en Auvergne afin de promouvoir les interactions positives avec la nature dans le cadre de loisirs, essentielle pour le bien-être de l'Homme.",
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            "abstractNote": "La maladie des taches noires (TN), causée par le champignon Diplocarpon rosae, est l'une des principales maladies foliaires des rosiers de jardin. Les cultivars résistants constituent une alternative efficace à l'utilisation de fongicides, mais les bases génétiques de la résistance ne sont pas bien connues. Pourtant, la compréhension des mécanismes sous-jacents est essentielle pour un déploiement efficace et durable des cultivars résistants. Un hybride de Rosa wichurana (RW) présente une résistance quantitative à la TN. L'analyse d'une descendance F1 issue d'un croisement entre le cultivar sensible Rosa chinensis 'Old Blush' et RW a montré que sa résistance résulte principalement de deux loci de traits quantitatifs (QTL), situés sur les groupes de liaison (GL) 3 (QTL B3) et 5 (QTL B5). Les objectifs de cette thèse étaient de caractériser les mécanismes moléculaires associés à ces QTL et d'identifier des gènes candidats potentiels. Ainsi, le séquençage de l'ARN a été effectué sur RW et quatre individus F1 présentant différentes combinaisons de QTL (B3, B5 ou les deux). Le QTL B3 était associé à des mécanismes de résistance « classiques », impliquant la détection de l’agent pathogène et des cascades de signalisation conduisant à la production de ROS, au dépôt de callose et à une mort cellulaire localisée. En revanche, les individus possédant le QTL B5 partageaient peu de gènes différentiellement exprimés, ce qui rendait difficile de faire un lien avec des mécanismes globaux. L'expansion de la descendance F1 et son génotypage avec des marqueurs KASP ont permis d'affiner les intervalles de confiance (IC) des QTL et d'identifier deux QTL distincts sur le GL 5. L'examen des gènes dans les IC des QTL a révélé des gènes hémizygotes et des gènes avec des variants génomiques, représentant des candidats intéressants pour la résistance à la TN. Cette étude constitue une première étape vers le clonage des gènes sous-jacents aux QTL de résistance et l'identification de marqueurs moléculaires utilisables en sélection variétale de rosiers de jardin.",
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            "abstractNote": "Le changement d’usage des sols représente la principale pression anthropique directe sur la biodiversité. En France, environ 24 000 hectares d’espaces naturels, agricoles et forestiers sont urbanisés chaque année, accentuant la fragmentation des habitats naturels et semi-naturels. Cette fragmentation isole les populations d’espèces et réduit la qualité des habitats, menaçant leur survie à long terme. La connectivité écologique des paysages, essentielle pour la biodiversité, permet aux espèces de se déplacer et d’interagir au sein de leur habitat. Elle favorise des processus écologiques clés, tels que les flux d’individus et de gènes entre les zones. La connectivité dépend non seulement de la qualité des habitats, mais aussi des capacités de déplacement des espèces. L'approche par la modélisation permet d’évaluer l’impact des aménagements sur les espèces et d'optimiser la planification territoriale en tenant compte des interactions spatiales. La modélisation de la connectivité offre des indicateurs précieux pour la conservation, bien que les résultats dépendent fortement des choix méthodologiques et des données utilisées. Ainsi, la thèse aborde la question : Comment renforcer l'intégration des espèces, de leurs besoins écologiques et du contexte paysager local dans les modèles de connectivité pour les projets d’aménagement ?. Elle est structurée autour de cinq chapitres : (1) l'introduction générale présente les concepts de connectivité et leur rôle dans la conservation ; (2) \"Support paysager de la connectivité\" analyse les infrastructures écologiques dans les paysages anthropisés, illustré par une étude sur les insectes agricoles du Grand Rovaltain ; (3) \"Hypothèses de modélisation\" évalue les hypothèses des modèles de connectivité, avec une application sur un amphibien menacé ; (4) \"État de conservation de la connectivité\" expose l’évaluation des modèles de connectivité pour le suivi des espèces, illustré par une étude sur les mesures compensatoires pour une population de papillons ; (5) la discussion générale, perspectives et conclusion. Ce travail souligne l'importance d'intégrer des approches de connectivité dans les décisions d'aménagement pour maintenir la biodiversité face aux pressions croissantes sur les territoires.",
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            "abstractNote": "Alors que les effets du changement climatique rendent les incendies catastrophiques à la fois plus fréquents et plus intenses, et qu’ils concernent davantage de régions sur la planète, les effets de la croissance urbaine généralisée ont fortement étendu les territoires exposés au risque incendie de forêt. Ainsi, dans les zones d’interface habitat-forêt, où les espaces anthropisés sont en contact étroit avec les espaces naturels, la vulnérabilité des biens et des personnes ne cesse de croitre. Ces zones requièrent des solutions d’adaptation qui supposent de repenser la manière de les aménager et d’y vivre au quotidien. L’objet de ce travail est d’examiner la stratégie de prévention visant à réduire la vulnérabilité des enjeux humains, à travers l'analyse de la politique d'urbanisme, de la gouvernance des systèmes décisionnels, ainsi que de l'implication des habitants dans l'aménagement de leur propriété et de leur quartier. Cette recherche est sous-tendue par les enseignements croisés d’une comparaison entre la France et l’Australie, et plus particulièrement entre les zones métropolitaines d’Aix-Marseille et de Melbourne.Une approche chronologique de la législation dans dix pays au climat méditerranéen permet de contextualiser l’émergence de la problématique de la prévention des incendies dans l'urbanisme, et offre une base pour comparer les instruments réglementaires de prévention en France et dans l’Etat du Victoria. Dans le cadre de la doctrine de prévention française, nous examinons d’abord les attentes concernant la cartographie des enjeux humains et proposons une nouvelle approche pour définir les zones urbanisées vulnérables en fonction de leur structure spatiale. Nous ajoutons ensuite la dimension sociale à l’étude de la vulnérabilité en mobilisant le paysage, tel que défini par la Convention Européenne du Paysage, comme outil d'analyse des interactions entre un lieu et sa communauté. Nous explorons dans une étude socio-spatiale les différentes formes d’expertise des habitants sur le risque incendie et leur adaptation préventive dans des quartiers périurbains de la métropole de Melbourne. Le paysage est également utilisé comme outil d’animation, pour expérimenter sur la métropole Aix-Marseille Provence une démarche participative de médiation paysagère sur le risque incendie auprès des acteurs locaux. Le paysage sert ici de support tangible et de base d’échange pour encourager l'implication des habitants dans la réduction de la vulnérabilité et faciliter l’interaction avec les élus et les gestionnaires.Les possibilités de transposition opérationnelle de certains des apports de cette recherche, telles que l’analyse de la morphologie du paysage pour évaluer la vulnérabilité sur un quartier et l’utilisation du paysage comme support de dialogue et d’actions de prévention au sein de la communauté, sont discutées en conclusion.",
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            "abstractNote": "La surface du territoire occupée par les villes ne cesse d’augmenter, notamment en région méditerranéenne. Ce processus d'urbanisation altère profondément l'environnement à des échelles locales et paysagères, représentant une menace mondiale pour la biodiversité, notamment celle des sols. Toutefois, des espaces verts aux usages diversifiés (production alimentaire, agrément, accompagnement de voirie) sont présents au sein des villes et peuvent jouer un rôle dans la conservation de la biodiversité.  Parmi les communautés du sol, les vers de terre et les fourmis assurent de nombreuses fonctions écologiques dans les sols et constituent de bons bio-indicateurs pour évaluer les perturbations des habitats. De plus, ces organismes présentent des différences, notamment dans leurs capacités de dispersion, et leurs stratégies alimentaires, pouvant conduire à des réponses distinctes face aux perturbations aux échelles locales et paysagères. Enfin, la région méditerranéenne est considérée comme un “point chaud” mondiale de diversité pour ces groupes. Cependant, très peu d’études ont été réalisées sur ces derniers en contexte urbain méditerranéen.Cette thèse vise à identifier les facteurs environnementaux influant sur les communautés de vers de terre et de fourmis au sein de différents espaces verts urbains méditerranéens de la métropole Montpelliéraine en adoptant une approche multi-échelles et multi-taxons. Trois axes de recherche complémentaires ont été développés : l'axe 1 étudie la réponse des fourmis dans 24 forêts urbaines réparties le long d'un gradient d'urbanisation ; l'axe 2 examine la réponse des communautés de vers de terre et de fourmis dans 40 sites urbains répartis entre des espaces de production alimentaire et des espaces verts récréatifs ou accompagnement de voiries, et également répartis le long d'un gradient d'urbanisation ; et enfin, l'axe 3 explore les patrons de distribution des vers de terre en utilisant une approche génétique et phylogéographique au sein d'un sous-ensemble des sites de l’axe 2.Les axes 1 et 2 ont révélé une homogénéisation des communautés à travers la métropole, malgré la grande variabilité des espaces verts étudiés, allant des forêts urbaines à une diversité d'habitats ouverts. Des facteurs locaux et paysagers influençant ces communautés ont également été identifiés, avec des effets à plusieurs échelles sur les communautés de vers de terre, mais un manque de réponse des communautés de fourmis aux facteurs paysagers. L'axe 3 a permis d'affiner l'analyse de la distribution des vers de terre à Montpellier et a permis de mettre en évidence une grande diversité génétiques des vers de terre ainsi que des résultats novateurs en contexte urbain. Cette thèse a ainsi permis d'isoler des facteurs environnementaux ayant des effets sur les vers de terre et les fourmis à diverses échelles, allant du local au paysager, ainsi que du gène à la communauté.",
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